Народився 25 листопада 1838 року у м. Стеблів Київської губернії, у сім’ї сільського священика.
Навчався у сільській школі, у 1847 році вступив до Богуславського духовного училища, яке закінчив у 1853 році і в якому викладав.
1853 року І. Левицький вступив до Київської духовної семінарії. Закінчивши семінарію, рік хворів, а згодом працював у Богуславському духовному училищі викладачем.
У 1861 році вступив до Київської духовної академії, яку закінчив у 1865 році. Отримав призначення та працював учителем російської словесності у Полтавській духовній семінарії, потім у гімназіях Каліша (1866–1867), Седлеці (1867–1872), Кишинева (з 1873).
Поруч із педагогічної діяльністю починає писати.
З 1873 працює в Кишинівській чоловічій гімназії викладачем російської словесності, де очолює гурток прогресивно налаштованих вчителів. Підпадає під таємний нагляд жандармерії.
1885 – Нечуй-Левицький йде у відставку і перебирається до Києва, де присвячує себе виключно літературній праці.
До кінця життя І. Левицький жив у злиднях.
Останні дні провів на Дегтярівці, у так званому «шпиталі для самотніх людей», де й помер самотнім 2 квітня 1918 року. Похований на Байковому цвинтарі
